Mas aos poucos o poder de Gondor declinou e depois da Grande Peste a vigilância sobre Mordor enfraqueceu; alguns postos nas fronteiras de Mordor foram abandonados e Minas Ithil ficou vazia do seu povo, apesar de haver sempre lá uma guarda; dessa forma, o rei dos Bruxos (que era o Senhor dos Nazgûl), aproveitando a fraca vigilância, conseguiu entrar secretamente em Mordor em 1980 (3ª Era) depois de ter destruído o reino do Norte. Chama e reúne lá os restantes Nazgûl e em 2000 partem de Mordor, passando pelo desfiladeiro de Cirith Ungol e cercam Minas Ithil. Em 2002 a fortaleza acabou por cair nas mãos dos Nazgûl e apoderaram-se do palantír da torre, que passa para Sauron. Depois disso, deixou de se usar as pedras que restavam (Anor e Orthanc) de forma a impedir Sauron de estabelecer contacto; até que Saruman e Denethor II resolveram usar as suas, tendo sido apanhados numa armadilha da sua vontade superior. Muitas pessoas que ainda moravam em Ithilien fugiram para Minas Anor, pois Osgiliath, devido à peste e ao declínio de Gondor, estava já parcialmente em ruínas. Mas Minas Anor resistiu e passou a chamar-se Minas Tirith, a Torre da Guarda,orgulhosa e forte, que estava sempre em guarda com o mal de Morgul. Defendia a passagem do rio contra os terrores de Minas Morgul e assim, as terras que ficavam atrás deles ficaram protegidas da guerra e da destruição. O senhor dos Nazgûl tornou-se o soberano de Minas Ithil, que foi transformada num local de tal pavor e tormento que ninguém ousava olhar para ela; passou a chamar-se Minas Morgul, a Torre da Bruxaria, com as suas terríveis artes negras e que se manteve sempre em guerra com Minas Anor, no Ocidente.

Quando Eärnur era rei de Gondor, o Senhor de Morgul lançou-lhe um desafio para um combate singular, envergonhando-o de que já uma vez tinha fugido dele (o que não era verdade, o cavalo de Eärnur é que se tinha assustado com o senhor dos Nazgûl). Mas Mardil, o bom Mordomo, conseguiu conter a ira do rei e evitar que ele aceitasse o desafio. Mas em 2050 (3ª Era) volta a repetir o desafio: e Eärnur parte a cavalo para o enfrentar. Mas foi traído pelo Nazgûl e levado vivo para Minas Morgul e nunca mais ninguém o viu! Como Eärnur não tinha nenhum herdeiro, o Mordomo passou a governar a cidade em seu nome, até que voltasse. Desta forma o Sr. dos Nazgûl conseguiu acabar com a dinastia dos Reis em Gondor.

Durante muitos anos os Nazgûl não saíram da sua cidade, pois preparavam Mordor para o regresso de Sauron e Morgul tornou-se num lugar de tormento e pesadelo. Só em 3018 da 3ª Era Mordor combate abertamente Gondor, com a saída do senhor dos Nazgûl a comandar as suas hostes, apesar de se apresentar invísivel aos olhos de todos: esse ataque teve dois objectivos, forçar a passagem da ponte de Osgiliath para que os Nazgûl pudessem iniciar a procura do Anel e experimentar a força de Gondor.

Em Março de 3019 (3ª Era) Frodo e Sam, conduzidos por Gollum, aventuram-se muito perto do Vale de Morgul para entrarem em Mordor por Cirith Ungol. Tudo parecia deserto, abandonado e envolto em sombras, apesar de se sentir muita malignidade no ar. Na encruzilhada de estradas, vêm a enorme estátua de um Rei (possivelmente Elendil) violada e mutilada pelos Orcs. Mas curiosamente, a cabeça do velho Rei, caída à beira da estrada estava coroada com flores que lembravam pequenas estrelas, como se fosse um diadema de prata e ouro. Por estranho que pareça, um facto tão simples, naquela região assombrada, encorajou e deu esperança à pequena companhia, que sentiu que o senhor das Trevas não poderia dominar eternamente.